2019年12月 2日，浙大儿院内镜中心正式投入使用，由呼吸内科、消化内科、耳鼻咽喉科、麻醉科共同组成，按照国内一流内镜中心建设模式，设有耳鼻咽喉内镜室、呼吸内镜室、消化内镜室(胃镜室、肠镜室、胶囊内镜室)、胃肠动力室及内镜清洗消毒室等，配备患者接待室、术前准备室、复苏室等辅助用房。
浙大儿院内镜发展源远流长。1985年10月，消化科叶瑞云教授在全国率先建立儿童胃肠镜室，开展儿童纤维胃镜和纤维结肠镜检查。1999年呼吸科开展儿童纤维支气管镜检查，是国内最早开展儿科纤维支气管镜检查及治疗的单位之一。2002年，医院开始儿童耳鼻咽喉内镜检查，是国内最早开展儿童耳鼻咽喉内镜检查的单位之一。经过多年的发展，目前消化内镜、呼吸内镜、耳鼻咽喉内镜诊疗数量、难度和诊疗质量上均处于国内领先的地位。
消化内镜种类有胃镜、十二指肠镜、双气囊小肠镜、结肠镜等;根据功能的不同还分为胶囊内镜、超声内镜、共聚焦显微内镜、放大内镜、色素内镜、窄带成像内镜等。目前经内镜逆行胰胆管造影技术(ERCP)也顺利实施，极大地提高了儿童消化道疾病的诊治水平。
呼吸内镜开展经内镜下气道检查、肺泡灌洗、冷冻治疗、激光治疗、球囊扩张治疗、高频电灼治疗、气道支架置入与取出、新生儿及危重症儿童的支气管镜检查及治疗等各种检查治疗。针对特殊的气道异物开展软式支气管镜与硬支气管镜结合下取异物。针对儿童疑难复杂的气道结构畸形，与胸外科、监护室、耳鼻咽喉科、麻醉科、放射科开展多学科的联合诊治。
耳鼻咽喉内镜开展的项目包括电子鼻咽喉镜、鼻内镜、耳内镜和硬支气管镜。除了满足常规检查外，还开展了内镜下的各种治疗，包括内镜下异物取出术，内镜下止血、活检、创面清理。每年开展硬支气管镜检查及治疗400例以上。
内镜中心推进无痛内镜检查，无痛内镜检查可缩短操作时间，患儿不会有明显的不适，可极大地改善患儿的就诊体验，最大限度降低内镜检查对患儿带来疼痛、不适和心理恐惧。目前每年开展全麻下无痛内镜检查及治疗超过4000人/次。
内镜中心技术力量雄厚，拥有主任医师4人、副主任医师1人。连续多年举办国家级内镜继续医学教育学习班。近年来，每年接受来自省内外各地的医护人员进修学习60人次以上，为国内培养了一大批儿科内镜的医护人员，扩大了儿科内镜队伍。
